S prvými kresťanmi sa na území dnešného Slovenska stretávame v druhej polovici 2. storočia po Kristovi. Kresťania boli medzi rímskymi legionármi, ktorí tu bojovali proti usadeným germánskym kmeňom.
Pre vojsko sužované dlhým suchom údajne práve kresťanskí legionári vymodlili dážď. Podľa barokovej historickej literatúry, neskôr na prelome 4. a 5. storočia, údajne germánska (kvádska či markomanská) kráľovná Fritigil (Frigitil), ktorá sídlila v Nitre, bola v písomnom styku s vtedajším milánskym biskupom svätým Ambrózom (+398) a dala sa pokrstiť. V Nitre bolo údajne zriadené aj biskupstvo (nemalo však dlhé trvanie, biskupom tu bol vraj Sunia, žiak sv. Ambróza). Celú túto správu treba pokladať za veľmi otáznu, pretože pre ňu niet ani len hodnoverných indícií. Otázne je aj to, či kráľovnú Fritigil možno dávať do priamej súvislosti s Nitrou. Nemožno vylučovať, že aj vtedy u nás žijúci Germáni mohli byť (azda čiastočne) kresťanmi, no ak to aj bolo tak, nešlo o pravoverných kresťanov, uznávajúcich za svoju hlavu rímskeho pápeža či konštantínopolského patriarchu, ale o sektárov ariánov, lebo je všeobecne známe, že prvotnou formou kresťanstva u Germánov bolo ariánstvo. Je známe aj o Langobardoch, ktorí v polovici 6. storočia boli kratší čas na najzápadnejšej časti Slovenska, že boli ariánmi.
Slovania
Predpokladá sa, že po odchode Germánov, od prelomu 5. a 6. storočia, územie Slovenska (postupne) osídľovali pohanskí Slovania, predkovia dnešných Slovákov. V priebehu 6. až 8. storočia nad stredným Dunajom títo Slovania vytvorili pospolitosť Slovenov, ktorí si uvedomovali svoju príbuznosť a spolupatričnosť. Možno už v 7., ale iste v 8. storočí prichádzali medzi Slovenov nad stredným Dunajom kresťanskí misionári z konštantínopolského, ako aj z akvilejského patriarchátu, ale najviac asi z bavorskej oblasti írsko-škótski misionári, ktorí tam vtedy pôsobili. Nešlo však o systematickú kristianizáciu, preto ani nemožno predpokladať jej väčšie výsledky. So systematickou a intenzívnou kristianizáciou nášho územia sa začalo po porážkach Avarov vojskami Franskej ríše v 90. rokoch 8. storočia.
Pôvodne bolo naše územie otvorené kresťanským misionárom z rozličných už spomínaných oblastí. Čoskoro však medzi nimi došlo k rozdeleniu záujmových sfér. V roku 811 bola hranicou medzi kristianizačnými záujmovými sférami salzburskej cirkevnej provincie a akvilejského patriarchátu rieka Dráva. Územie na sever od nej patrilo do kristianizačnej sféry salzburského arcibiskupstva. Neskôr, v roku 829, došlo aj k deľbe záujmových misijných sfér v rámci salzburského arcibiskupstva. Územie na východ od rieky Ráby a Rabice a na sever od Dunaja sa stalo misijnou sférou pasovského biskupstva. Práve z týchto čias sa zachovala prvá konkrétna správa o vysvätení prvého kresťanského kostola na Slovensku, na majetku nitrianskeho kniežaťa Pribinu v Nitre vtedajším salzburským arcibiskupom Adalrámom. Práve okolnosť, že tento kostol posvätil salzburský arcibiskup naznačuje, že sa tak muselo stať pred spomínaným rozdelením misijných sfér, teda najneskôr v rokoch 828 - 829, pretože odvtedy patrilo toto územie už cirkevnoprávne pasovskému biskupstvu. V súvislosti s kostolom, ktorý postavil Pribina, sa vyslovilo mnoho dohadov. Pretože Pribina sám vtedy ešte nebol kresťanom, predpokladalo sa, že kostol bol postavený pre jeho manželku, ktorá bola údajne franského pôvodu, alebo že bol postavený pre franskú kupeckú komunitu v Nitre. Najsprávnejšie však bude pokladať kostol v Nitre za ústredný (hlavný) kostol kristianizačnej misie v Nitrianskom kniežatstve. Treba pripomenúť, že murované kostoly na novokristianizovaných územiach vznikali až po dosiahnutí istého stupňa kristianizácie, keď sa na príslušnom území začala vyvíjať cirkevná organizácia. Preto je azda najpravdepodobnejším predpoklad, že to bol kostol hlavného kňaza (archipresbytera), ktorý bol hlavou kristianizácie v Pribinovej doméne. Nitriansky hlavný kňaz bol v čase vysviacky kostola priamym podriadeným salzburského arcibiskupa, po roku 829 potom nepochybne pasovného biskupa. Pre úvahy o ďalšom cirkevnoorganizačnom členení Nitrianskeho kniežatstva (vlastne nitrianskeho archipresbyteriátu) nejestvujú ani len náznaky. Jediné čo možno predpokladať, je jestvovanie zárodku základného vyučovania (školy), aby (nepočetných) vybraných adeptov bolo možné potom poslať do škôl v Bavorsku.
Je veľmi pravdepodobné, že podobný archipresbyteriát jestvoval aj v Moravskom kniežatstve. Rovnako je však pravdepodobné, že po podmanení Nitrianskeho kniežatstva Mojmírom I. jestvovali naďalej obidva archipresbyteriáty a ich archipresbyteri boli podriadení pasovskému biskupovi. V tomto nemohlo dôjsť k trvalej zásadnej zmene ani po príchode byzantskej misie z Konštantínopolu. Solúnski bratia Konštantín (Cyril) a Metod nemohli ihneď vytvoriť novú cirkevnú organizáciu, v prvej fáze sa sústredili na výchovu kňazského dorastu. Iná situácia mohla nastať po udelení kňazských svätení ich žiakom. Z ďalšieho historicky doloženého priebehu udalostí však vieme, že sa tak mohlo stať až roku 873.
Metod
Vysvätením sv. Metoda za biskupa, roku 869, pápežom Hadriánom II. a jeho menovaním za misijného arcibiskupa pre územia ovládané Rastislavom, Svätoplukom a Koceľom, sa síce formálne cirkevnoprávna situácia zmenila, no pápežovo poverenie sa pre internovanie arcibiskupa Metoda predstaviteľmi salzburskej cirkevnej provincie mohlo začať realizovať až od roku 873. Medzitým - asi v roku 870 - boli vyhnaní franskí kňazi z Veľkej Moravy a možno bolo aj skutočne prerušené fungovanie archipresbyteriátov (ak ich kontinuitu formálne nenahradili prípadní kňazi domáceho pôvodu). Od polovice roku 873 sa arcibiskup Metod stal predstaveným všetkých kostolov, celej kresťanskej cirkvi na Veľkej Morave a je veľmi pravdepodobné, že aj naďalej boli nižšími podriadenými zložkami spomínané archipresbyteriáty. Ďalšia organizačná zmena nastala vydaním buly Industriae tuae pápežom Jánom VIII. v júni 880. Vznikla (veľko)moravská cirkevná provincia, ktorú vtedy tvorili moravská arcidiecéza a nitrianska diecéza. Ako a či sa vtedy tieto dve diecézy (ktoré nepochybne boli pokračovateľmi spomínaných archipresbyteriátov) organizačne členili, nevieme. Za vtedajší územný rozsah nitrianskej diecézy možno pokladať územie niekdajšieho Nitrianskeho kniežatstva (ktoré sa stalo údelným vojvodstvom moravskej dynastie) a územia, ktoré boli k nemu dovtedy pričlenené výbojmi. Prakticky v roku 880 mohlo ísť približne o územie dnešného Slovenska (bez Záhoria), prípadne aj o časti dnešného severovýchodného Maďarska. Hoci aj po smrti arcibiskupa Metoda (885) a po odchode biskupa Wichinga z Veľkej Moravy (okolo roku 890) tam nebol ani jeden biskup, pôvodné organizačné členenie asi pretrvalo. O necelých dvadsať rokov došlo k ďalšej organizačnej zmene. Okolo roku 899, na žiadosť veľkomoravského kniežaťa Mojmíra II., súhlasil pápež Ján IX. s vysvätením jedného arcibiskupa a troch biskupov pre Veľkú Moravu. Jedným z troch vysvätených biskupov bol nepochybne biskup pre nitriansku diecézu, druhým mohol byť biskup so sídlom v Debrove (dnes Feldebrö) neďaleko Jágru (Eger). K vtedajšiemu nitrianskemu biskupstvu patrili približne dve tretiny územia dnešného Slovenska (vrátane Spiša a Gemera) a zvyšné územie Slovenska patrilo diecéze so sídlom vo Feldebrö. Po príchode starých Maďarov bola táto cirkevná organizácia narušená a prestala oficiálne jestvovať asi už pred rokom 910.
Nová cirkevná organizácia
Nová cirkevná organizácia (aj) na našom území vznikla potom po roku 1000, za prvého uhorského kráľa Štefana I. Západné dve tretiny Slovenska (vrátane Spiša a Gemera), teda územie nitrianskej diecézy z čias okolo roku 899, sa stalo územím ostrihomskej arcidiecézy, ktorej na juh od Dunaja patrilo len okolie Ostrihomu. Východné Slovensko patrilo do jágerskej diecézy. Treba pokladať za nepochybné, že Nitra bola vtedy sídlom kapituly, no nebola sídlom samostatnej diecézy, hoci nepochybne k nej patrilo aj isté územie. Iste už v 11. storočí ako vyššia cirkevnosprávna organizačná zložka jestvovala v rámci ostrihomskej arcidiecézy bratislavská kapitula, ktorá mala tiež v správe presne určené územie. Zákony Štefana I. predpisovali aj vytvorenie farskej organizácie. Pre každých 10 dedín mala byť vytvorená fara, ktorá mala byť aj primerane hmotne zabezpečená. Pravdepodobne už v 11. storočí sa diecézy (arcidiecéza) začali členiť na archidiakonáty. Základom archidiakonátov boli hradné španstvá, z hľadiska cirkevnej organizácie išlo o veľkofary. Preto v neskoršom vývoji archidiakonáty neraz splývajú so župami (stolicami). A tak ako sa napríklad pôvodné Zvolenské kráľovské panstvo postupne rozčlenilo na niekoľko žúp, tak sa aj pôvodný hontiansky archidiakonát rozčlenil na viaceré archidiakonáty (podľa žúp - stolíc: zvolenský a liptovský a pod.). V niektorých župách zasa boli aj dva archidiakonáty, napríklad v Nitrianskej bol nitriansky aj šaštínsky archidiakonát.
Nitrianske biskupstvo
Nitrianske biskupstvo ako samostatná diecéza bolo obnovené asi až za kráľa Kolomana (1095 - 1114), hoci sa zrejme o to usiloval už vojvoda, potom kráľ Ladislav I. (1074 - 1077 - 1095). Osobitým nezvyčajným útvarom bolo nitrianske biskupstvo preto, že k nemu patrilo mesto Nitra s územím v jej bezprostrednom okolí a Trenčianska župa, ktorá sa začínala až o 40 km na sever od Nitry. Okrem katedrálneho archidiakonátu malo Nitrianske biskupstvo len malý Hradniansky archidiakonát, ktorý tvorila záhorská časť Trenčianskej župy a veľký trenčiansky archidiakonát, ktorému patril zvyšok Trenčianskej župy. Kapituly v Nitre a Bratislave boli už v 11. storočí miestami konania tzv. božích súdov, ktoré boli reliktami súdneho dokazovacieho pokračovania z predkresťanských čias. Iste až začiatkom 13. storočia vzniklo na Slovensku v rámci ostrihomskej arcidiecézy spišské prepoštstvo, ktoré tak ako bratislavské prepoštstvo malo aj archidiakonátnu funkciu. Patrilo mu celé územie Spiša a menšie územie v severozápadnom Šariši (Toryský dekanát). Archidiakonáty sa najneskôr od 13. storočia začali členiť na dekanáty, ktoré mali asi desať fár. Pomocníkmi cirkevnej organizácie tzv. svetského kňazstva boli rehoľné komunity. Nepochybne najstarším kláštorom na Slovensku bol benediktínsky kláštor sv. Hypolita na Zobore pri Nitre. Vznikol najneskoršie v poslednej tretine 10. storočia, no nemožno ani vylučovať, že to mohlo byť aj o storočie skôr. Najbohatší kláštor na Slovensku bol v Hronskom Svätom Beňadiku, ktorého zakladacia listina sa hlási k roku 1075. Údajne už za Ladislava I. (1077 - 1095) vzniklo benediktínske opátstvo v Klíži. Pôvodne asi benediktínsky kláštor v Bzovíku bol založený pred rokom 1131 a benediktínsky kláštor v Krásnej nad Hornádom v roku 1143. Najstaršie premonštrátske kláštory na Slovensku v Lelese a Jasove boli založené pred rokom 1200. Premonštrátsky kláštor v Šahách vznikol pred rokom 1240 a v Turci (Kláštor pod Znievom) v roku 1251. Pomerne skoro, po vzniku tzv. žobravých reholí (františkáni a dominikáni), v prvej štvrtine 13. storočia vznikli aj na Slovensku kláštory, a to v Banskej Štiavnici, Nitre, Košiciach, Bratislave. Jediný cisterciátsky kláštor na Slovensku v Spišskom Štiavniku vznikol v roku 1224 a v tom istom roku založil nitriansky biskup Jakub aj benediktínsky kláštor (opátstvo) na Skalke (pri Trenčíne). Dom begíň bol v Bratislave asi už koncom 12. storočia, v roku 1235 ich vymenili cisterciánky z Heiligenkreuzu a neskôr klarisky. Kláštor damiánok (neskôr klarisiek) bol v Trnave už pred rokom 1239. V románskom období jestvovalo na Slovensku aj viacero menších kláštorov, ktorých zakladateľmi boli bohatší šľachtici.
Do 13. storočia vrátane vytvorená cirkevná organizácia, napriek občasným pokusom o jej zmeny pretrvala celé stáročia.
